第33回 分子生物学会 年会 ポスター発表（3P-1138）
3P-1138 ポスター
2010-12-09 ポスター会場
DNAチップの互換性及び評価方法に関する標準化
Standardization of the DNA-chip measurement procedure considerdring the compatibility and evalution of the data from multiple platforms
○秋山 英雄,川瀬 三雄,下田 正文,田中利明,中江 裕樹,福島 和久,福島 達伸,布藤 聡,的場 亮,宮永 敦子,山本 信子,源間 信弘
○Hideo Akiyama,Mitsuo Kawase,Masafumi Shimoda,Toshiaki Tanaka,Hiroki Nakae,Kazuhisa Fukushima,Tatsunobu Fukushima,Satoshi Futo,Ryo Matoba,Atuko Miyanaga,Nobuko Yamamoto,Nobuhiro Genma
特定非営利活動法人 バイオチップコンソーシアム
Japan MicroArray Consortium
Keyword:DNA microarray/external standard/ISO/IVDMIA/companion diagnostics
【背景・目的】
DNAチップは、検体や試料で発現している多数の遺伝子情報を網羅的に検出・解析できるツールである。近年、飛躍的な技術発展を成し遂げ、今日では「研究ツール」として広く利用されるが、大きな市場規模が期待される産業用途での利用が十分でなく、サンプル前処理、データ解析・判定、試薬管理などの方法や手順について標準化の遅れが指摘される。
特にDNAチップデータの比較互換性の向上、および評価・校正法の確立において核酸標準物質によるキャリブレーション法の確立は不可欠な課題である。そこで測定の信頼性向上、およびプラットフォーム間のデータ互換性・校正方法の確立を目的にバイオチップコンソーシアム（JMAC：http://www.jmaqc.org/index.html）を設立し、検出時のデータ品質の尺度となる核酸標準物質の開発に成功を行っている。
【方法】
Universal Human Reference RNAおよびFirstChoice Human Brain Reference RNAに 標準物質を混和した標準物質試料を調整した後、各施設に配布して推奨プロトコルにしたがい実施した。また同時に他手法とのデータ互換性を評価するため、定量PCR法（Taqman法）、次世代シークエンサー測定を実施した。
【結果】
使用したプラットフォームには標準物質検出用プローブのほか、陽性コントロール検出用プローブを搭載しているため、最初に各反応工程における品質の評価を行い、各工程における品質は一定の水準を満たしたと判断した。
そこで取得した遺伝子発現データおよびTaqman法や次世代シークエンサーを補正した後、各プラットフォームにおけるRNA標準物質の濃度－シグナル応答の直線性、およびばらつき等の評価を行った結果、データ互換性及び、高い直線回帰のの相関が見出されたので、報告する。なお本成果は、平成21年度基準認証研究開発委託費（国際標準共同研究開発事業「バイオチップの互換性及び評価方法に関する標準化」）で行われたものである。
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